Im 12 Jh. wurde die Region durch die Kuenringer kolonisiert und planmäßig erschlossen. Es gab eine Altsiedlung, im heutigen Altweitra, dieser Ort wurde bereits erstmals urkundlich zwischen 1182 und 1190 genannt. Die ungünstige Lage von Altweitra veranlasste aus strategischen Gründen Hadmar II von Kuenring zur Verlagerung der Stadt auf die heutige Lage.
Zwischen 1201 und 1208 erfolgte die planmäßige Anlage der Stadt Weitra. Weitra wurde als Stadt gegründet und ist nicht aus einer Dorfgemeinschaft gewachsen. Im Süden, am höchstgelegenen Punkt errichteten die Kuenringer die Burg. Die mittlere, breite Zone war für den Dreiecksplatz bestimmt, um den die Bürgerhäuser gebaut waren. Am steil zur Lainsitz abfallenden Nordende wurde die Stadtpfarrkirche erbaut. Nach missglückten Aufständen verloren die Kuenringer 1296 endgültig Weitra an die Habsburger, in deren Besitz es bis 1581 verblieb. 1581 belehnte Kaiser Rudolf II Wolf Rumpf Freiherrn von Wielroß mit der „Herrschaft, Stadt und Feste" Weitra. Im Jahr 1592 wurde es ihm als Eigen zugesprochen. Wolf Rumpf erbaute Anstelle der alten Kuenringerburg das weithin sichtbare Renaissanceschloss.
Die Witwe des Wolf Rumpf heiratete den schwäbischen Grafen Friedrich zu Fürstenberg und seit 1606 befindet sich das Schloss Weitra im Besitz der Familie Fürstenberg. Im 13. Jahrhundert bildete sich in Weitra eine bürgerliche Gemeinde mit einer Selbstverwaltung. Die städtischen Privilegien gehen aus einer Urkunde von König Friedrichs des Schönen aus dem Jahr 1321 hervor. Dabei wurde festgelegt, dass die bisher an Weitra vorbeiführende Landstraße durch die Stadt selbst führen sollte. Weiteres erhielten die Bürger der Stadt Weitra das Recht Bier zu brauen. Niemand sonst im Umkreis von 8 Kilometern dürfe Bier brauen.
Weitra ist somit auch älteste Braustadt Österreichs, hier wird seit 1321 durchgehend Bier gebraut. Zur Blütezeit des Brauwesens Mitte des 17. Jahrhunderts gab es mehr als 30 Brauereien, ein Herrschaftliches Brauhaus und ein Bürgerliches. Die Bevölkerung setzte sich aus Ackerbürgern und Handwerkern zusammen. In Folge der NÖ Landesaustellung 1994 wurde das Schloss der Öffentlichkeit zugänglich und nutzbar gemacht. Heute beherbergt es verschiedene Museen und ist Schauplatz verschiedenster Ausstellungen. Vier gigantische Trichterschirme machen den prächtigen Renaissance Arkadenhof wetterfest.
Durch die Altstadtsanierung im Jahr 1974 und die Niederösterreichische Landesaustellung ist Weitra eine der wichtigsten touristischen Städte Niederösterreichs.
